Fakultas Syariah IAIN Sultan Amai Gorontalo   berdirinya Pada tahun 1984 yang merupakan kelas Filial dari IAIN Alauddin, yang terdiri dari  Jurusan Perdata Pidana Islam dan mencatat alumni pertama pada tahun 1997, adapun Pimpinan Fakultas Syariah IAIN Alauddin di Gorontalo berturut-turut sebagai berikut:

  1. Syaifudin Noor Hadi, Kuasa Dekan Fakultas Syariah IAIN Alauddin di Gorontalo tahun 1984-1988.
  2. Muhammad N. Tuli, Kuasa Dekan Fakultas Syariah IAIN Alauddin di Gorontalo tahun 1989-1992.
  3. H. Abdulkadir B. Nambo, Kuasa Dekan Fakultas Syariah IAIN Alauddin di Gorontalo tahun 1993-1997.

Fakultas Syariah yang berstatus filial dilebur menjadi Jurusan Syariah dengan Prodi (Prodi) Ahwal Syakhshiyah (Hukum Keluarga Islam) berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor: 11 Tahun 1997 tanggal 21 Maret 1997. Pada tahun 2001 bertambah satu Prodi lagi yaitu Prodi Muamalah, dan kemudian diganti namanya menjadi Prodi Ekonomi Perbankan Islam (EPI). Adapun pimpinan Jurusan Syariah berturut-turut sebagai berikut:

  1. Zohrah, Ketua Jurusan tahun 1997-1998.
  2. Ismail Y. Puhi, Ketua Jurusan tahun 1998-1999.
  3. Syafrudin Katili, Ketua Jurusan tahun 1999-2004.

STAIN Sultan Amai Gorontalo beralih status menjadi (IAIN) Sultan Amai Gorontalo, berdasarkan Keputusan Presiden No. 91 tahun 2004 tanggal 19 September 2004 yang diperkuat dengan Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 4 tahun 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Sultan Amai Gorontalo. Salahsatu fakultas yang tercantum dan Keputusan Presiden tersebut adalah Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam yang terdiri dari Jurusan/Prodi Ahwal al-Syakhshiyyah (Hukum Keluarga Islam) dan Ekonomi Islam (EI).

Pimpinan Fakultas (Dekan) sejak beralih status dari STAIN menjadi IAIN sampai sekarang adalah sebagai berikut:

  1. Syafrudin Katili, M.H.I., Pjs. Dekan Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam tahun 2004-2007.
  2. Lahaji, M.Ag., Dekan Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam tahun 2007-2014.
  3. Sofyan A.P. Kau, M.Ag., Dekan Fakultas Syariah tahun 2014-2017.
  4. H. Ajub Ishak, M.A., Dekan Fakultas Syariah tahun 2017-sekarang.

Pada tahun 2012, Prodi Ekonomi Islam berdiri sendiri di bawah naungan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam dan Fakultas Syariah bergandeng nama dengan Ekonomi Islam. Bersamaan dengan itu pula, pada tahun 2013 Fakultas Syariah mengusulkan pembentukan tiga Prodi baru yaitu: Prodi Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah), Prodi Hukum Pidana Islam (Jinayah), dan Prodi Hukum Tatanegara Islam (Siyasah). Prodi Hukum Pidana Islam mulai menerima mahasiswa Baru pada tahun 2014 dengan ketua jurusan yakni Hj. zumiyati S. Ibrahim, S.H.,M.H.  (2014 s,d 2018 ) dan Dr. Arhjayati Rahim, S.H.,M.H. (2018 s.d Sekarang).

Prodi Hukum Pidana Islam senantias berbenah dan mengembangkan diri baik dari segi peningkatan mutu pendidikan, pengajaran, Sarana dan Prasarana, serta peningkatan mutu SDM serta pelayanan akademik sehingga apa yang menjadi Visi dan Misi Prodi dapat terlaksana secara maksimal.